Mardakan jest jedną z najstarszych miejscowości na półwyspie Apszerońskim. Jej nazwa pochodzi od plemienia Mards ("Waleczni"), którzy zamieszkiwali te okolice w I wieku naszej ery. Najstarsze ślady osadnictwa pochodzą jednak z epoki brązu, czego dowodzą liczne pozostałości odkryte podczas wykopalisk.
Atrakcją Mardakanu jest jeden z jego zamków z czworoboczną wieżą. Do dziś można go podziwiać w doskonałym stanie.
